1944. március 19-e, a német megszállás kezdete után Fricsay már nem vezényelt többet. Hozzátartozóival együtt bujkálásra kényszerült. A család régi barátja, Platthy Pál segítette őket, hogy a háborút át tudják vészelni. Ezután Fricsay már nem tért vissza Szegedre.

"Mint nős és háromgyerekes családapa a háború végén Budapesten az egyik szanatórium pincéjében rejtőzködtem, várva az események jobbrafordulását. Már egy héttel az oroszok bejövetele után, jelentkeztek barátaim, és három nap múlva sor kerülhetett az első hangversenyre, amelyet az egyik színházban tartottunk meg, mialatt tőlünk néhány száz méterre még folytak a harcok.
A közönség hálás volt, hogy a zenét nem »ölték meg«, és vele együtt mi is életben maradtunk. Februárban vezényeltem az első hangversenyt az Operában, igaz, csak az alagsorban, ahol a ruhatár volt. Áprilisban már a Traviátával mutatkozhattam be az Állami Operaházban...