1915 februárjában vonult be, a 91. gyalogezredhez került. De nem sok időt töltött osztrák mundérban, 1915. szeptember 24-én orosz hadifogságba került – voltaképpen átszökött az oroszokhoz, majd 1916 nyarán csatlakozott a cári hadsereg oldalán harcoló Csehszlovák Légióhoz. A Légió a francia-angol-orosz szövetségi politikának egyik végrehajtója volt, osztrákellenesség jellemezte, célja volt a cseh nemzeti érdekek védelme, később az önálló csehszlovák állam megszervezésének alapja lett.
     Ez a nacionalista szemlélet hatja át a Švejk-téma második feldolgozását is, amely 1916-ban készült, és 1917-ben jelent meg Kijevben, Švejk, a derék katona fogságban címmel. A második változatban, - az előzőtől (1912-estől) eltérően, amelyben Hašek még a cseh-magyar ellentétet szemléltette és a korabeli magyar sajtót karikírozta - a cseh hazafiság hangsúlyozása, a magyar-osztrák ellentét került előtérbe.

A Švejk második feldolgozása 

  


Második felesége, A. G. Lvovna

 
     1918-ban Hašek átállt a Vörös Hadsereghez (otthagyta a Légiót, mely akkor már ellenforradalmi erőt képviselt), az 5. szibériai hadsereg politikai biztosának helyettese lett, belépett a kommunista pártba. 1920 májusában Krasznojarszkban feleségül vette Alekszandra Gavrilovna Lvovnát – az 1917-es februári forradalomban szerepet játszó Lvov herceg lányát -, jóllehet előző feleségétől formálisan nem vált el. Ekkor még tartósnak hitte szibériai megbízatását. Így a bigámia elkövetésében nem valami felelőtlenség vezette, hanem azt hitte, hogy életét végleg Szibériában folytatja. Arról ábrándozott, hogy nemzetközi vörös csapatok élén szabadítja fel az elnyomott közép-európai népeket. 1920 decemberében azonban az Internacionálé javaslatára több tapasztalt pártmunkástársával és második feleségével hazatért Prágába. Nem sokkal azután érkezett meg, hogy a Csehszlovák Szociáldemokrata Párt balszárnyának vezetése alatt álló munkásság általános sztrájkját és felkelését leverték.
A kialakult politikai helyzet, az iránta megnyilvánuló bizalmatlanság, a rendőrségi zaklatások és nem utolsó sorban magánéletének rendezetlensége (bigámia miatt mégis perbe fogták hazájában) visszasüllyesztette régi bohém életmódjába.

vissza