A 19. század végén felszökött a magyarországi fogorvosok száma, ennek kapcsán pedig előtérbe került képzésük formája és a fogászat egyetemi oktatása. Ekkor lép fel Nedelko Döme nyomdokain haladva a 19. század végi fogászat két nagy alakja Iszlai József és Árkövy József.

Külföldi tanulmányútjaikon szerzett tapasztalataik alapján felismerték, hogy a szájüregben végzett beavatkozások fogászati szakismereteket követelnek, melyet a megfelelő egyetemi oktatás tud csak nyújtani. Iszlai 1881-ben kapott magántanárságot egyetemes fogtan és foggyógyászat tárgykörből. Előadásait eleinte otthonában, majd a Bonctani Intézet tantermében tartja. 1902 végén kap katedrát, de korai halála után tanszéke a Fogászati Propedeutikai Intézet megszűnt.

Amit Iszlainak nem sikerült, azt Árkövy József, a magyar fogászat iskolateremtő professzora valósította meg. Angliai tanulmányútjáról hazatérve javaslatot tesz egy kórházi osztály felállítására a Rókus Kórházban. Indoklásában kiemeli, hogy a betegek gyógyításán kívül a tanítás és tudományos kutatás céljait is szolgálná. Terve nem valósulhatott meg, mivel a kórház akkori igazgatója mereven elzárkózott a fogászati osztály megnyitásától.
Miután elutasították, más megoldást próbált találni céljai eléréséhez, úgy döntött, hogy magángyógyintézetet hoz létre. Miután az engedélyt megkapta az orvosi fakultáshoz közel, a Magyar utca 21. szám alatti ház két szobájában megnyitotta intézetét 1880. március 1-jén. A szegény betegek számára a rendelés ingyenes volt. Kezdetben hetenként háromszor 2-2 órán át volt nyitva. Ilyenkor Árkövy előadásokat tartott, konzerváló kezeléseket, foghúzást, műtéteket végeztek. 1883-ban egy nagyobb szobával bővült az intézmény, amelyben a műtőszékeket helyezték el. Árkövy munkatársa, Hattyasy Lajos pontos kimutatást készített a kezelésekről és a intézetben megfordult orvostanhallgatókról. A Foggyógyintézet fennállásának nyolc éve alatt több mint 11383 beteget látott el, 894 orvostanhallgató és 64 orvos részesült szakképzésben.

1881-ben Árkövy megkapta a magántanári címet, s ezzel a Foggyógyintézet az egyetemhez csatlakozott, s minisztériumi támogatást is kapott. Azonban a fenntartási költségek egyre emelkedtek, melynek nagy részét Árkövy maga fizette. Emellett mind a betegszám, mind az orvostanhallgatók száma állandóan nőtt. Ezért Árkövy az elért eredményekre hivatkozva 1886-ban kéri, hogy az egyetem falain belül helyezzék el az intézményt. Kérését ekkor még elutasítják, de az 1888/89-es tanévben félsikert ért el, s gyógyintézetét a Rókus Kórházba helyezi át. Itt azonban az amúgy is helyszűkében lévő kórház csak egyetlen helyiséget tud átengedni fogászat céljaira. Ez a korábbi könyvtárszoba egyetlen ajtóval és ablakkal rendelkező helyiség volt, mely egy zárt kórházi folyósóra nézett.

Ebben az időben az egyetemnek két magántanára volt fogászatból, Iszlai és Árkövy. Együtt dolgozták ki a fogászati tanfolyam részletes tervét, ez az együttműködés azonban szakmai és személyes ellentétek miatt nagyon rövid ideig tartott csak.
Árkövy tovább küzdött azért, hogy a fogászati oktatást sikerüljön bevinni az egyetem falai közé. 1890-ben Markusovszky Lajos az, aki felkarolja az egyetemi fogászati oktatás ügyét, így állt fel 1890-ben az Egyetemi Fogászati Intézet. Az intézet elnevezés ellenére gyakran használták a klinika megnevezést is. Az új intézményt az egyetem gazdasági épületének második emeletén helyezik el, szerény körülmények között. Az intézethez 1890-ben egy díjas tanársegédi, 1894-ben egy díjas gyakornoki állást rendszeresítettek. 1892-ben Árkövy nyilvános rendkívüli, 1906-ban rendes tanári címet kap.
„A Fogászati Intézetnek kb. 60-80 hallgatót befogadó nagyterme, 10 műtőszékes kezelőterme, 1 műtőszékes narkózis-szobája és egyesített orvosi-technológiai laboratóriuma volt. A műtőszékes legtöbbje fejtámlás faszék volt, a laboratórium műtőszéke fejtámlás, kárpitozott fotel, csak a narkózis-szobában ás a tanteremben volt egy-egy fogorvosi műtőszék. Reflektoros gázlámpa szolgált a műtőtér világítására; majd minden szék mellett lábhajtós fúrógép állott. Az orvosok többsége utcai ruhában dolgozott, és csak néhány orvos viselt már fehér vászonköpenyt.”

Az első világháborút megelőző évtizedben a fogorvosok száma megnőtt az országban, de még mindig jelentősen alatta maradt a számuk a szükségesnek. Ebben az évtizedben jelennek meg az első fogorvosnők is. A budapesti egyetem orvosi karán 1908-ban doktorált az első magyar fogorvosnő, Barát Gizella. Évekig a Poliklinikán dolgozott, majd 1910-ben magángyakorlatot kezdett, melyről az Új Idők is megemlékezett. A nők körében lassan lett csak népszerű az orvosi hivatás, a Magyar Fogorvosok Egyesületének 1913-ban egy, 1916-ban pedig csak 4 női tagja volt.

A stomatológiai eszmével kapcsolatos viták is ebben a korszakban zajlanak. A kifejezést Magitot francia fogorvos kezdte ajánlani, és az elnevezést az 1890-es berlini nemzetközi kongresszuson is elfogadják. Árkövy is helyesli a stomatológia elnevezést, melyet így indokol: „A stomatologia egyik ága az orvostudománynak, tehát orvosi szakma, amelynek tudás- és működésköre a szájüregre terjed ki, még pedig annak összes kemény és lágy képleteire, vagyis az ajakpírtól kezdve a lágy szájpadlás végéig. A szakma gyakorlati érvényesítése kiterjed minden betegségre, amely intraorális úton gyógyítható.

A stomatologiának ezen definiciója, illetőleg körülírása által megadódnak azok a határok, amelyek általában megakadályozzák a stomatologiának átlépését az általános „nagysebészet” területére. Nyilvánvaló, hogy ilyen működési köre csak orvosnak lehet és ha a stomatologussal egy nemorvos „fogorvos” állíttatik szembe, akkor ennek működési körét feltétlenül és lényeges meg kell szorítani és alig lehet azt a fogak speciális kezelésén kívül is túlterjeszteni. E fejtegetésekből önként következik, hogy csakis orvos nevezheti magát stomatologusnak és fordítva, hogy egy ú. n. speciális oklevéllel bíró fogorvos még távolról sem stomatologus.” A stomatológiai eszme diadala elsősorban az intézmények elnevezésében jutott kifejezésre. (1897: Stomatologusok Országos Egyesülete, 1902-1914 Stomatologiai Közlöny, 1909: Stomatologia Klinika)
1906-ban a vallás- és közoktatásügyi miniszter a Mária és Pál utca sarkán lévő telket utalja ki a Fogászati Klinika számára, hogy ott új épületet emeljenek: „jelenleg a fogászati klinika van legkedvezőtlenebbül elhelyezve, s így ezen klinika a tudományművelés és tanítás céljainak teljesen megfelelő új elhelyezéséről szükséges elsősorban gondoskodni, elhatároztam, hogy egyelőre csak a fogászati klinika építessék fel a Mária- és Pál uccai saroktelken Kauser József megbízott tervező és művezető építész számítása szerint…”

Az új klinikaépületet 1909-ben nyitják, Stomatológiai Klinika néven. Ez évben Budapesten tartott a XVI. Nemzetközi Orvoskongresszust, melynek stomatológiai szakosztálya megtekintette az új klinikát, s világszerte elismerő közlemények sora jelezte, hogy mily nagy mérföldkő volt ez a magyar fogászat történetében.
Az új épületben fog- és szájsebészeti osztály, konzerváló és protetikai osztály és stomatológiai propedeutika kapott helyet. Ez utóbbihoz tartozott a fogászati anatómia, patológia, valamint a szövettani, bakteriológia és vivisectiós laboratórium is. A stomatológiai patológiai részleg magában foglalta a foghúzó-részleget, a műtőt és a konzerváló osztályt is. Ide tartozott az eredetileg hatágyas fekvőosztály is, az ágyszámot már a második hónapban pótágy beállításával kellett növelni. Az előkelő páciensek részére pedig különszoba létesült.

A stomatológiai technikai osztály a kezdettől fogva elkülönült laboratóriumra és applikáló teremre. A laboratóriumban dolgozott Hattyasy Lajos és Salamon Henrik. A klinika alkalmazott először fogtechnikust, az első technikus Kreuter József volt.
A klinika emeletén tanterem is volt, mely 1906-1946-ig egyetemi és tudományos előadások, rendezvények, továbbképzések színhelye volt. Az új klinika könyvtára nemzetközi viszonylatban is jelentős volt, melynek alapját Barna Ignác, Iszlai József és Árkövy József magángyűjteményei képezték.

A klinikán magas szintű tudományos munka is folyt, Árkövy is szorgalmazta, hogy tanítványai, klinikájának tagjai szerepeljenek a szaksajtóban, nemzetközi kongresszusokon. Tanítványaiból iskola alakult, melyen közül öten magántanári képesítést is kaptak: Rothmann Ármin, Hattyasy Lajos, Antal János, Szabó József és Salamon Henrik.
A háború megváltoztatta a klinika életét is, részt kellett venni a háborús sérültek gondozásában. A klinikából Vörös Kereszt-hadikórház lett és az ál- és arcsérültek egyik gyűjtőhelye. A klinika kezelő helyiségeiben kórtermeket rendeztek be.
Árkövy azonban az utódlása kapcsán kirobban személyes ellentétek miatt nyugdíjazását kérte, és ezzel egy jelentős fejezet zárult le a magyar fogászat történetében.