Fogkefét már az ókorban is használtak, de tömeges elterjedése csak a 19. század második felében kezdődött.

A 17. században Pierre Fauchard már ajánlotta a fogmosást, és az édességek evése után a szájöblítést. A fogmosás szokása azonban nem terjedt el széles néprétegek körében. A felsőbb néposztályok rendelkezhettek már fogkefével, de inkább ékszerként tekintettek rá. E korszakból fennmaradt Nagy Frigyes ezüst fogkeféje, amely ornamentikus díszítésű nyéllel készült. Napóleonnak elegáns aranyfogkeféje volt. 1801-ben egy német udvari fogorvos a fogkefe mellé már fogport is ajánl.

A fogkefék nagyobb mennyiségű gyártása először Angliában indult meg 1780 körül William Addis manufaktúrájában, majd 1857-ben Amerikában H. N. Wadsworth irányításával. A tömeges gyártás időszaka a 19. század végére esik, leghíresebb amerikai fogkefegyártó-cég a Florence Manufacturing Company of Massachusetts volt.
A nejlonszálas fogkefét 1938-ban a DuPont gyárban kezdték gyártani. A második világháború után hazatért amerikai katonáknak nagy szerepe volt a fogmosás általánossá válásában, mivel a hadseregben elsajátították a szájápolással kapcsolatos tudnivalókat.

Az első elektromos fogkefét Svájcban fejlesztették ki 1939-ben. Amerikában az 1960-as években népszerűvé vált a Broxodent típusú elektromos fogkefe, melyet a General Electric gyártott.

Hazánkban a 19. század első felében jelentek meg a fogkefék, először csak az arisztokrata családoknál. Tömeges elterjedése jóval későbbre tehető.
Bikafalvi Máthé Domokos 1876-ban megjelent fogápolással foglalkozó művében már ír arról, hogy milyen a jó fogkefe és kiemeli a fogak tisztításának fontosságát: „A fogakat kefével kell tiszítani, a mely soha ne legyen igen lágy, inkább kissé kemény. A taplós foghúsra jó a kemény kefe, a fogat pedig mindig jobban meg lehet kemény kefével tisztítani. A gyermekeket korán kell szoktatni ahhoz, hogy fogait fogkefével megtisztítsa…
Tekintettel a fogkefék megválasztása körüli nehézségekre, melyek annál nagyobbak, mentől többféle megbízhatatlan anyagú, rossz sertéjű kefe jő használatba – construáltam egy megfelelő alakú s kitünő anyagból készült fogkefemintát. Kerek, kis feje könnyen szája vihetővé, homorúan nyírt sertefelülete pedig a fogsor hajlását követővé teszik. Nem nagy, s nem is túlságos kicsiny. Könnyen kezelhető, s nem romlik, mert anyaga kitünő. Eddig minden patiensem teljes megelégedéssel használja.
Ezzel reggel okvetlenül meg kell a fogakat tisztítani, azon kívül lefekvés előtt is. Nem elengedő az, hogy a fogak külső lapjait tisztítjuk. A felső, alsó részeket, valamint a szájüreg felé fordult lapokat is szükséges tisztítani.”

Löwy Samu szintén saját fejlesztésű fogtisztító eszközét ajánlja művében: „a fogkefe legnagyobb ellensége a fognak, és sokan gondolkoztak már azon, hogy lehetne ezen bajtól szabadulni anélkül hogy a baj magát gyökerestül t. i. a fogkefe eltávolitása által kiirtották volna. Ezt ”Salubria” – fogtisztitómmal mely fogkefét teljesen helyetesiti, anélkül, hogy annak hibáit birná elérni vélem. Ezen fogtisztitó egy fogsor ivére teljesen alkalmazkodó álanyitott (Nikel) aczélrud, melynek vége két lemezkéből áll és mind egy fogó kinyitható. A két redőzött lemez közé egy mogyorónagyságú sterilisált, azaz olyan vatátt teszünk, mely előbb forró göznek ki lett téve és igy a netalán benne levő baczilusok, megölettek; ezen vattával felszerelt végét a tisztitónak bemártjuk elébb az Eugenol-szájvizbe és azután az Eugenol-fogporba, melylyel aután a fogsoron kívül és belül néhányszor végighúzunk és melylyel a bölcsesség fognak külső felét is egészen jól el lehet érni.”

A hazai fogkefegyártás 1935-ben a Grünberg testvérek mosonmagyaróvári gyárában indult, ahol több ezer fogkefe hagyta el a gépsorokat naponta.