A háború viszontagságos, sokszor reményteli pillanatait átélt Szent-Györgyi Albertet 1945-ben nemzeti hősként kezelték. Amint Magyarország a fasizmus alól felszabadult, nem hivatalosan felajánlották a professzornak, hogy legyen a Magyar Köztársaság elnöke. Hasonló példa volt erre a lengyeleknél: 1940-ben a híres zongoristát Jan Paderewskit választották elnöknek. A tudós a politika helyett a katedrát és a kémcsöveket választotta. Szent-Györgyi a Budapesti Orvostudományi Egyetem biokémiai tanszékének vezetője lett.

Az éhező értelmiségiek segítségére Szent-Györgyi és Zilahy Lajos író elhatározta, hogy egy új Magyar Akadémiát szerveznek Magyarországon. Ismeretes, hogy a tudós első felvételi kérelmét a Magyar Tudományos Akadémiára elutasították, mert túlságosan eltért a konvencióktól. (Bartók Bélát ugyanilyen indoklással utasították vissza.) 1935-től levelező, majd 1938-tól rendes tagként szerepelt az akadémikusok sorában.

„1946 vége felé a kormány feloszlatta a régi Tudományos Akadémiát, amely »elavult és alkalmatlan volt a jelen viszonyok között«. Az Akadémia körüli vitában a kormány végeredményben Szent-Györgyi mellé állt. Megalakult az új Legfelső oktatási tanács, vagy rövid nevén a »Hatok Tanácsa«. Albert akadémiai befolyása ekkor érte el csúcspontját Magyarországon. Az ő közreműködésével bocsátottak el a legreakciósabb professzorok közül néhányat Budapesten. Levágták az Akadémia fájának elszáradt ágait. Részben ugyanarról a klikkről volt szó, akik megakadályozták Albert kinevezését az orvosi egyetemre, illetve 1936-ban az Akadémiára, és tüntetően kivonultak, amikor a negyvenes évek elején Albert beszédet mondott az Akadémián.

Az Akadémia körüli harcok során mutatkozott meg Albert személyiségének egy másik oldala: ha alkalma nyílt rá, meglehetősen könyörtelen is tudott lenni az ilyen »komisz, nagyon komisz fickókkal« szemben. Az »álmodozó idealista« meglepően jártas volt a lenini stílusú belharcokban, amelyek a háború utáni Magyarországot jellemezték.

Albert minden olyan híresztelést visszautasított, hogy ő lesz az ország vezetője. Ezért azt feltételezték, hogy akkor viszont ő lesz az újjászervezett Akadémia elnöke. Ő azonban maga helyett udvariasan, a híres zeneszerzőt, Kodály Zoltánt javasolta. Ezzel részben a régi akadémikusok indulatait kívánta csitítani, ugyanakkor azt is demonstrálni akarta, hogy lépéseit nem a személyes hatalom megszerzése motiválja. A ’Prof’-ot mégis első elnökhelyettesnek választották, aki így a következő évben az elnöki poszt várományosa lett. Kodály és Szent-Györgyi ebben az időben lettek barátok, az volt az általános vélemény, hogy e két kiemelkedő ember együttműködése a magyar kultúrának nagy hasznára vált.” (Ralph W. Moss)