A XVII. század kiemelkedő jelentőségű személyisége Apáczai Csere János, a gyulafehérvári, majd a kolozsvári kollégium tanára. Magyar Encyclopaedia címû műve eredetiségét az új pedagógiai koncepció: az ismeretek átfogó rendszerének kialakítása adja. A műben észrevehető a nyugati filozófusok – elsősorban Descartes – hatása, amely már magánál a rendszerzésnél is megmutatkozik, főként a racionális természetbölcselet elveinek követésében. Értékéből nem von le semmit, hogy végeredményben nem önálló alkotás, hanem Descartes, Ramus, Amisius és mások műveiből vett részletek szó szerinti vagy rövidített, összefogott fordítása. A rendszerbe foglalás, a szerzők kiválasztása, a fordítás azonban Apáczai óriási és vitathatatlan teljesítménye. Ugyanakkor az Encyclopaedia a magyar tudományos nyelv nagy próbája is, a magyar világi tudományos szakirodalom első, nagyszabású műve. Másrészt e munkán keresztül Apáczai azokat szerette volna megismertetni a tudományok rendszerével, legfrissebb eredményeivel, akik már elvégezték kollégiumi tanulmányaikat, de a latin nyelvű – főként természettudományos témájú – műveket nem értették s arra igényük sem volt. Elsősorban számukra írta e munkáját, s ahogyan az előszavában jelzi: „az igazság zászlaja alatt honfitársaim elé tártam mindazokat a dolgokat, melyek hasznosak és ismerni szükséges.”

Losontzi István a nagykőrösi református gimnáziumot igazgatói működése alatt magas színvonalra emelte. Említésre méltó munkája a Hármas kis tükör, amely a magyar népoktatás történetének egyik legnépszerűbb tankönyve. A szerző 1771-ben kiadott A szent históriának summája című kötetének alapos átdolgozásából, kibővítéséből született. Az 1773-ban megjelent, ímmár Hármas kis tükör-ként ismert könyv tartalmazza az ó- és újszövetségi történeteket, valamint Magyarország és Erdély földrajzát, történelmét, „alkotmánytanát.” A gyermekek számára könnyűvé, érdekessé akarta tenni a tananyag megtanulását, ezért az egyes vármegyékről szóló ismereteket, a magyar királyokról való tudnivalókat négysoros strófákba foglalta, a többi anyagrészt pedig kérdés-felelet formájában dolgozta fel. Céltudatosan, pedagógiai-didaktikai megfontolásból tette mindezt: „Gyermekeknek írtam, azért is gyermeki elméhez alkalmaztatott módot szükség vala követnem. Tudjuk, hogy a gyermekek a ritmizálásban igen gyönyörködnek és a verseket örömest tanulják. Ez októl indíttatván, a vármegyékben levő nevezetesebb helységeket versecskékben foglaltam, hogy azokat minden unalom nélkül megtanulván, állhatatosan elméjükben megtartsák.”

A Pápai Református Kollégium évszázadokon keresztül szolgálta a nemzeti művelődés ügyét. A Kollégium kéttagozatos: a teológia és gimnázium főiskolaként működött, 1797-ig a pápai református egyház, utána pedig a Dunántúli Református Egyházkerület fenntartásában. A XVII. sz. végén a pápai egyházat az ellenreformáció részéről súlyos megpróbáltatások érték: Séllyei István püspököt – aki a Kollégium lelkésze volt – és Kocsi Csergő Bálint professzort gályarabságra ítélték. A viszontagságos helyzet még ezután is több mint fél évszázadon át tartott. 1752-ig a pápai református egyházat és a Kollégiumot száműzték a Pápához közel lévő Adásztevelre. Az 1781-es Türelmi Rendelet után térhetett vissza Pápára a Kollégium s az 1790-es évtől indulhatott újból fejlődésnek.
A gályarabságra ítélt Kocsi Csergő Bálint a rabságból visszatérve az egész üldöztetési pernek, fogságuknak, a gályarabságnak történetét részletesen leírta latinul: Narratio brevis de oppresione libertatis eccl. Hung. címmel. A munka kilenc könyvét Lampe Historiae Ecclesiae Reformatae in Hungaria et Transilvania címû munkájában kiadta, Bod Péter pedig 1738-ban átdolgozta. A munkát az akkori sajtóviszonyok miatt nem nyomtathatták ki, csak jóval később: Kősziklán épült ház ostroma címmel Lipcsében, 1866-ban. A kötet bevezetését, jegyzeteit Szilágyi Sándor írta.

Mándi Márton István tevékenysége alatt a Pápai Református Kollégium nagyon sokat bővült: az új iskolaépületet is ő emeltette. Legfőbb szándéka az volt, hogy a debrecenihez, a patakihoz hasonló főiskolát teremtsen. Elsősorban filozófiát, teológiát oktatott – a filozófiában főként Kant elveit fogadta el, amiért sokan támadták. Előadásait magyar nyelven kezdte tartani, de az 1815-ös kerületi gyűlés határozata alapján kénytelen volt visszatérni a latin nyelvű oktatáshoz. Főbb munkái könyvtárunkban is megtalálhatók.
1817-ben megjelent „kis katekizmusa” nemcsak a „magános” olvasóknak szólt – ahogy a címben is olvashatjuk – hanem a tanórai oktatásban is szerepet kapott, a kritikus hangvételű korabeli fogadtatás ellenére.