1858-ban született Sárközújlakon. Középiskolai tanulmányai után, 1883-ban szerzett orvosdoktori oklevelet a pesti egyetemen, majd itt is telepedett le és folytatott fogászati gyakorlatot.

Iszlai József első munkatársai közé tartozott, segédkezett az előadások tartásában és ambulanciájának vezetésében. A Magyar Fogtani Társulatnak előbb alelnöke, majd elnöke volt. Egyetemi magántanári címet azonban több próbálkozása ellenére sem tudott szerezni.

Abonyi rendkívül termékeny és világos stílusú szakíró. Első összefoglaló műve 1888-ban jelent meg A fogászat és műtéteinek rövid kézikönyve címmel. Könyvét alcíme szerint orvostanhallgatóknak és gyakorló orvosoknak szánja. Előszavában szól a könyv megírását inspiráló okokról is: „Több mint 6 év óta nyilvános és magánrendeléseimben orvostanhallgatók és gyakorló orvosok részére tartott eddigi cursuaim alatt elég alkalmam nyilt meggyőződést szerezni a felől, hogy a fogászat terén utóbbi időben történő nagyszámú búvárlatok és eredmények – részint anyanyelvünkön irt szakkönyv hiányában, de kivált az egyetemen hiányzó, az orvosi gyakorlat terén legalább a legszükségesebb igényeket teljes mérvben kielégítő, rendszeres kiképeztetés nélkülözése folytán – nagyobb részt ismeretlenek. Ennélfogva a czél, mely előttem lebegett, részint az volt, hogy a sebészeti magyar irodalom ezen ágában levő hézagot némileg pótoljam; valamint, hogy ezen tárgy iránt érdeklődő kezdő collegéknak némi utmutatással szolgáljak.”

Könyve az első magyar nyelvű, a fogászat teljes anyagát felölelő orvosi munka. Két fő részre osztható, a kór- és gyógytanra és a műtéttanra. Az első részben a fogak bonctanát és élettanát, a fogképződés rendellenességeit, a fog kemény képleteinek megbetegedéseit, a fogbél betegségeit, a fogtőhártya betegségeit, az álcsontok bántalmait, a foghús betegségeit és a fogbajok által feltételezett neuralgiákat tárgyalja. A műtéttani részben a fogeltávolítással, visszaültetéssel, átültetésse, a fogcsonkítással, a fogbél eltávolításával, a fogtöméssel, fogszabályozással foglalkozik. A függelékben pedig az altatás és érzéstelenítés kérdéséről ír. A könyvet igényes metszetek egészítik ki a fogászatban használatos műszerekről.

A műttétani részt világosan, áttekinthetően építi fel: „A fogászati műtéteket eddig létező valamennyi fogászati szakkönyvtől eltérőleg, elkülönített önálló részben tárgyaljuk. Magunknak az egyes műtéteknek a tárgyalásánál, az orvostan többi ágához tartozó műtétek leírásánál követett praktikus rendszert fogadtam el alapul.
A javalatok felsorolásánál csupán a szakszerűen indokoltakat tartottuk szem előtt. Magától értetődik azonban, hogy a műtétek végzésénél még más körülményeket is, mint pl. a patiens általános egészségi állapota, vagyoni viszonyai stb tekintetbe veendők.
A műszereket, valamint a műtét kiviteli módjait illetőleg csupán a czélszerű használatnak örvendők közül a legszükségesebbeket írjuk le. A kiviteli módok után mindenütt még történelmi adatoknak is szentelünk egy-egy kis helyet.”

Abonyi könyvét 1889-ben már Bécsben is kiadják, mely szintén a könyv sikerét mutatja. Ez volt az első magyar fogászati szakkönyv, melyet idegen nyelvre lefordítva is kiadtak.

Másik összefoglaló műve A műfogászat rövid kézikönyve címmel jelent meg 1892-ben, ugyanebben az évben német kiadása is napvilágot lát. Abonyi a könyvet az előző mű kiegészítésének szánta, mivel „ezen rövid néhány év alatt a fogászat némely fejezete körül kiválóan szembeötlő haladás történt. Ezek közé tartozik többek között a fogpótlás műtéte és így már ezen körülménynél fogva is megérdemli, hogy vele külön és önállóan foglalkozzunk.
Egy másik körülmény, amely ezen munka megjelenését indokolttá teszi, abban rejlik, hogy míg a fogászati kór- és gyógytant tartalmazó ujabb munkákkal évenként találkozunk az irodalom terén, addig a fogpótlásra vonatkozó külön munkák igen ritkák.”

Huszár György szerint e könyv Abonyit a magyar odontechnikai, fogtechnika úttörőjévé teszi. A könyv a következő témákat öleli fel: a száj előkészítése, a lenyomat, a minta, a fémalapú kaucsuk és celluliod műdarabok, csaposfog, szájpadpótlás és fogszabályozás.

1891-ben Az altatószerekről, különös tekintettel a bromaethylre címmel jelent meg következő könyve, melyek 1892-ben Lipcsében is kiadtak. A könyvben állatkísérletre alapozva mutatja be az különböző altatószerek hatását.

Utolsó könyve egy orvostörténeti tanulmány, A fogászat Hippokrates korában címmel. Az előszóban ír a tudományosan kevéssé elismert orvosi történetírás helyzetéről is: „Az idők és felfogások változásának karakterisztikus jele, hogy egyrészt orvostörténelmi munkálatok gyéren látnak napvilágot, másrészt ha ilyen dolgozat megjelenik, félénk szerénységgel kell bekopogtatnia az irodalmi produkczió tárházának kapuján, mintegy bocsánatat kell kérnie, hogy merészkedik a tudomány bajnokainak rohamlépésekben való előretörését modern elméleteken és megfigyeléseken keresztül egy pillanatra megakasztani és a kutató elme irányát hátrafordítani azon ős források felé, melyekből a mai orvosi tudománynak széles és mély mederben folyó árja fakadt, sőt jelenleg is táplálkozik néha tudva, legtöbbször pedig a nélkül, hogy sejtelme volna arról.
„Emlékezzünk régiekről…” ez nem divatos jelszó; a gőz, a villamosság, a Röntgen-sugarak százada annyira el van telve saját alkotásainak és találmányainak nagyszerűségével és korszakosságával, annyira el van foglalva a nap-nap után összegyülemlő adatok és tények feldolgozásával, hogy egyrészt talán jogosítva érzi magát szánakozó mosolylyal tekinteni az előző idők primitivebb eszközökkel és silányabb módszerekkel kivívott eredményeire, másrészt pedig meddő kisérletnek tarthatja azon igyekezetet, melynek czélja kimutatni, hogy mai tudásunk szálai visszanyúlnak az elmult évszázadokba, sőt évezredekbe.”