A budapesti Stomatológiai Klinikát a két világháború között 17 éven át Szabó József vezette. 1919-ben, Árkövy nyugdíjaztatása után a tanári kar őt bízta meg a Fogászati Klinika ideiglenes vezetésével. 1921-ben kapja meg a nyilvános rendes tanári és klinika igazgatói kinevezését.

Az Árkövytől örökölt klinikát gyökeresen átalakítja, modernizálja. Új osztályokat létesít (fogszabályozó osztály, fogtechnikai laboratórium, orvosi laboratórium), a meglévő osztályokat bővíti (röntgenosztály, fekvőbeteg részleg), külön rendelőt hoz létre szájnyálkahártya betegek részére, modern eszközökkel szerelteti fel a műtőt.
A klinika átszervezésében nagy segítséget kapott Salamon Henriktől, aki fogszabályozó (odontoorthopaediai) osztályt létesített. Ezen osztályból nőtt ki a későbbi Fogszabályozási és Gyermekfogászati Klinika. Az osztályon sok, később jelentős ortodontista dolgozott: Czappán Elemér, Horváth Lajos, Hübner Béla, Kunvári Bella, Madarász Erzsébet, Rehák Rudolf, Seni Laura, Szenthe István, Varga István. A tudományos munka is kiemelkedő volt ezen az osztályon, 1933-ig 47 tudományos dolgozatuk jelent meg.

A klinika röntgenosztálya 1919 őszén létesült. Először egy Wehnelt-féle savmegszakítós induktoros, majd Apex II. gázmegszakítós készülékkel készítették a felvételeket, 1924-ben jutottak egy modernebb Koch és Strezel gyártmányú Diax-készülékhez. A klinika röntgenosztályán dolgozott Simon Béla, Sturm József, Gámán Ferenc.
A klinikán folyó oktatás több irányú volt. Az orvostanhallgatók számára nem volt kötelező a fogászat hallgatása. Ennek ellenére sokan látogatták a meghirdetett kurzusokat, mivel Szabó jó előadó volt és gyakorlati oktatást is nyújtottak. A fogorvosképzés anyagának elméleti és gyakorlati részét Szabó pontosan kidolgozta. A fogorvos-továbbképzés ügyét is támogatta a klinika, időnként két-három hetes tanfolyamokat szerveztek.

„Az egész világ szakmai elismerését vívta ki az 1931. szeptember 2. és 8. között Szabó vezetésével Budapesten megrendezett I. Nemzetközi Stomatológus Kongresszus.
A világ 23 országából 1100-an jelentek meg. Páratlan könyvtárat gyűjt össze, melyet később a klinikának adományoz, így a klinika 3500 kötetes szakkönyvtára a világon szinte páratlan szakirodalmat jelentett. Különféle általa készített mulázs és műszer- gyűjtemények egészítették ezt ki. Szabó klinikai működésének ideje felöleli azt a negyed századot, mely alatt több mint 11 ezer orvostanhallgató hallgatta a stomatológiát, több mint 600 fogorvos kapott szakorvosi képesítést, és Szabó rendszeres továbbképző tanfolyamain 1922-től 741magyar és 20 külföldi vendégorvos fogorvos tanult a klinikán.
Hat orvosa lett életében magántanár: Máthé Dénes, Morelli Gusztáv, Simon Béla, Horváth Lajos, Balogh Károly, Móczár László. Később további számos orvosa lett magántanár Máthé majd Balogh professzorsága alatt: Oravecz Pál, Molnár László, Szokolóczy-Syllaba Béla, Hattyasy Dezső, Lőrinczy Ervin, Kocsis Antal Gábor, Szenthe István, Varga István, Fodor György István, Rehák Rudolf, Sugár László, Máthé Gyula. Ők alkotják a magyar fogászat Szabó iskolájának legjelentősebb tagjait. Kiváló gyógyító szakemberként, tehetséges kutatóként, eredményes oktatóként két évtizedes klinika igazgatói tevékenysége a magyar fogászat történetének páratlanul eredményes periódusát köszönheti Szabó Józsefnek.”

Szabó halála után, 1938-ig rövid ideig Máthé Dénes vezette a klinikát. De a háború és korai halála megakadályozta abban, hogy látványosat alkosson.